Το όνομα της Ύδρας οφείλεται στα άφθονα νερά που ανάβλυζαν από τις πλούσιες πηγές που είχε στην αρχαιότητα. Οι ιστορικοί αναφέρουν το νησί με το όνομα Υδραία και στο εσωτερικό του νησιού έχουν διασωθεί ίχνη αρχαίων οικισμών, όπως μαρτυρούν αρχαιολογικές ανασκαφές στη θέση Επισκοπή.

Σύμφωνα με τα αρχαιολογικά δεδομένα (επιφανειακά ευρήματα, θραύσματα αγγείων, κατάλοιπα οικισμού στην θέση Επισκοπή, κτλ), η επίκοιση στο νησί ανάγεται στους πολύ προ της Ομηρικής περιόδου χρόνους, δηλαδή στην Ύστερη Νεολιθική εποχή (3000 - 2600 π.Χ.).

Στο σπήλαιο κοντά στις Πέβγες, νότια του οικισμού, έχουν βρεθεί ίχνη από την Ύστερη Νεολιθική εποχή. Ένα από τα σημεία του νησιού που φαίνεται ότι κατοικήθηκε σε όλες τις εποχές ήταν η Eπισκοπή, το κυριότερο γεωργοκτηνοτροφικό κέντρο του νησιού, καθώς εδώ υπήρχαν πλούσιες πηγές νερού.

Στη διάρκεια της Πρωτοελλαδικής περιόδου η εγκατάσταση έγινε κοντά στη Zούρβα, στον Aγιο Nικόλαο, στον Aγιο Γεώργιο Mπίστη, στη Nησίζα και οι άνθρωποι με τα πλοία τους έκαναν εμπόριο οψιδιανού.

Iχνη κατοίκησης από τη Γεωμετρική εποχή υπάρχουν στον Bλυχό, όπως επίσης υπάρχουν ίχνη και από τη Μακεδονική εποχή, από την Υστερορωμαϊκή και τη Βυζαντινή σε διάφορα σημεία του νησιού.

Η Ύδρα φαίνεται ότι δεν κατάφερε στους αιώνες που ακολούθησαν να εξελιχθεί σε τόπο κοινωνικά και ιστορικά συγκροτημένο. Περίπου τον 13ο π.Χ. αιώνα, γίνεται τόπος εγκατάστασης και διαμονής Δρυόπων αγροτών, βοσκών και ψαράδων, ανθρώπων σκληροτράχηλων χωρίς ιδιαίτερες φιλοδοξίες και αναζητήσεις πέρα των στενών ορίων του τόπου τους, οι οποίοι προηγουμένως ζούσαν στις ορεινές περιοχές του Παρνασσού και της Οίτης και κατέφυγαν στο νησί κάτω από την πίεση των Δωριέων.

Δύο αιώνες αργότερα, με την κάθοδο των Δωριέων, οι Δρύοπες εξαφανίζονται και χάνεται κάθε ίχνος ζωής στο νησί που παρέμεινε ένας τόπος τραχύς και σχεδόν έρημος, αποκομμένος από την ιστορική και πολιτιστική εξέλιξη.

Κατά την Πρώιμη Αρχαιότητα ο ιστορικός της ρόλος εξακολουθεί να παραμένει ασήμαντος. Το πιθανότερο είναι να υπαγόταν στην δικαιοδοσία του πανίσχυρου τότε Βασιλείου των Μυκηνών (Ομήρου Ηλιάδα, στ. 100 - 109). Γύρω στα 560 π.Χ. περιήλθε αρχικά στους Ερμιονείς μέχρι το 525 π.Χ. και στη συνέχεια, σύμφωνα με ιστορική μαρτυρία του Ηροδότου αγοράστηκε από Σάμιους πολιτικούς φυγάδες για να παραδοθεί αργότερα από αυτούς στους Τροιζηνίους, που επιμόνως επιζητούσαν την κατοχή της κυρίως για λόγους καλλιέργειας και βοσκής των αιγοπροβάτων τους. Υπό την εξουσία των Τροιζήνιων η Ύδρα παραμένει μέχρι τον 4ο π.Χ. αιώνα.

Ιστορικοί της αρχαιότητας όπως ο Ηρόδοτος (Γ' 19), ο Γεωγράφος Πτολεμαίος (Δ' 334), ο περιηγητής Παυσανίας (Β' 439) και οι Λεξικογράφοι Στέφανος ο Βυζάντιος (6ος αιώνας πχ) και Ησύχιος (5ος αιώνας π.Χ.), σπανίως κάνουν μνεία του ονόματός της.

Η μοναδική μαρτυρία που υπάρχει για την Ύδρα στους Κλασικούς χρόνους είναι η αναφορά του Στέφανου του Βυζάντιου για έναν κωμωδιογράφο με το όνομα Ευάγης, ο οποίος κατοικούσε στο νησί.

Δεν υπάρχουν πληροφορίες για την περίοδο της Ρωμαιοκρατίας και της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας στο νησί. Το γεγονός αυτό δημιούργησε αρχικά την εντύπωση ότι η Ύδρα παρέμενε ακατοίκητη στα Ρωμαϊκά και τα Βυζαντινά χρόνια. Όμως οι ανασκαφές στην Επισκοπή μαρτυρούν ότι η Ύδρα αυτή την εποχή κατοικείται.

Φαίνεται ότι εξαιτίας των συχνών πειρατικών επιδρομών ένας μεγάλος αριθμός από τους κατοίκους της είχε εγκαταλείψει το νησί, ενώ οι υπόλοιποι είχαν αποσυρθεί στο εσωτερικό του.